Po německé okupaci byla aktivní v protifašistickém odboji a svého postoje ke svobodě a demokracii se nevzdala ani poté, co fašistickou diktaturu vystřídala ta komunistická. To se jí bohužel stalo osudným. V medializovaném monstrprocesu byla v roce 1950  obviněna spolu s dalšími z protistátního spiknutí. Během zinscenované soudního líčení se hájila proti obviněním z  trestných činů velezrady a vyzvědačství. Narozdíl od řady takto souzených ale svou vinu nepřiznala a stála si za svým, že se ničeho zlého nedopustila. I tak byla ale odsouzena k trestu smrti, který byl vykonán brzy ráno 27. června 1950 ve věznici na Pankráci. Rozsudek Státního soudu ze dne 8. června 1950 byl zrušen už v období uvolnění poměrů v roce 1968. K obnově soudního řízení vzhledem k následné okupaci vojsky Varšavské smlouvy a následné nastupující tzv. normalizaci nedošlo. M. Horáková tak byla plně rehabilitována až v roce 1990. Následujícího roku ji byl za zásluhy o demokracii a lidská práva in memoriam udělen Řád T. G. Masaryka I. třídy. Na den popravy Den památky obětí komunistického režimu. 

„Je potřeba si stále připomínat příběh Milady Horákové jako jedné z největších osobností boje za svobodu, která se stala symbolem boje proti bezpráví a statečně dokázala čelit totalitnímu režimu,“ poznamenal starosta Luhačovic Marian Ležák. 

Milada Horáková se háji proti vykonstruovaným obviněním / Foto: R. Novák